De drie grote verschillen tussen biologisch en gangbaar gehouden dieren zitten in grondgebondenheid, leefomstandigheden en voeding- en medicijngebruik.

De biologische veeteelt is grondgebonden. Dit in tegenstelling tot de gangbare veehouderij, waarin veehouders vaak alleen nog maar stallen hebben en geen eigen grond. In de biologische landbouw moet er een evenwicht bestaan tussen de door de dieren geproduceerde mest, de benodigde uitloop en de landbouwgrond bij het bedrijf. Biologische veehouderijen verbouwen vaak hun eigen voedergewassen en soms ook een of meerdere akkerbouwgewassen. De mest van de dieren wordt gebruikt voor de eigen grond. Dit betekent dat het aantal dieren in verhouding tot de beschikbare grondoppervlakten moet staan.

Het welzijn van dieren - koeien, kippen, geiten, schapen en varkens - komt in alle aspecten van de biologische veehouderij naar voren. Het aantal dieren per vierkante meter is minder dan bij de gangbare veehouderij en in tegenstelling tot die veehouderij beschikken de varkens en koeien over daglicht. De dieren hebben veel ruimte, hokken met stro en een buitenuitloop. Zij kunnen zich gedragen zoals dat bij hun soort hoort. Het routinematig verrichten van ingrepen als het afbranden van de snavel bij kippen en het couperen van de staart bij varkens is niet toegestaan.

Biologisch gehouden dieren krijgen grotendeels biologisch voer. Alleen als er niet voldoende biologisch voer voorradig is, mag er voor een klein percentage gangbaar voer bijgekocht worden. Medicijnen mogen in de biologische veehouderij uitsluitend ter bestrijding en niet ter preventie van ziekten worden toegepast. Standaardmedicijnen in het voer zijn, evenals groeihormonen, verboden. Het achterliggende idee is dat de 'biologische' dieren in het algemeen meer weerstand hebben door het voer dat ze krijgen en doordat ze beschikken over voldoende bewegingsruimte en frisse lucht